Despuñes de buscar en los foros posibles fallos graves que indicasen que actualizar a la nueva versión de la distribución Ubuntu no era muy recomendable me decidí a hacerlo.
Para evitar tener que descargarme todos los paquetes de la actualización hice una descarga previa de la ISO del CD de la versión «Alternate». Una vez lo tuve tostado ejecuté el comando de actualización que viene en el CD. Una hora después y después de no más de 4 o 5 preguntas simples tenía mi Ubuntu Edgy Eft funcionando perfectamente y respetando mi configuración de Xgl + Compiz.
Parece que habré tenido suerte o que no tenía mi sistema muy heterogéneo (con paquetes ajenos a Ubuntu) ya que a mucha gente le ha cascado la actualización en alguno de los puntos.
Por tanto recomiendo encarecidamente la actualización de Dapper Drake a Edgy Eft.